Volgens de regels van het ontwerp-luchthavenbesluit zal 245 hectare nieuwe natuur niet gerealiseerd kunnen worden. Dit heeft Landschap Overijssel geconcludeerd bij de voorbereiding van de zienswijze. Uit artikel 12 van het ontwerpbesluit blijkt dat er binnen een straal van 6 kilometer rond de start- en landingsbaan geen bestemming of gebruik van nieuwe natuurgebieden is toegestaan. Dit verbod geldt overigens niet voor al bestaande natuurgebieden zoals het Kristalbad. Veel gronden die zijn aangewezen voor de ontwikkeling van nieuwe natuur hebben nu nog een andere bestemming, daarom zal er op die gronden geen inrichting van nieuwe natuurgebieden mogelijk zijn. Hiertoe behoren ook nieuwe natuurgebieden die bedoeld zijn als compensatie voor de effecten van de luchthaven.